肛瘘的治疗手术是主要办法，常能获得，但有一定的反复率。不适合手术的病例，可用非手术办法，一般能减轻症状，防止瘘管向纵深蔓延，控制其发展。肛瘘和肛旁脓肿一样，不同于身体其他部位的感染，由于发生在肛门直肠附近，在肛门或直肠内有一固定感染来源，即内口，同时病灶位于肛门括约肌内，括约肌的舒张和收缩会影响脓液的排出。因此说，肛瘘和肛旁脓肿一旦发生，不论轻重，多没有自愈的可能，药物治疗也只是减轻症状，临床只有通过手术（包括挂线）治疗才能达到目的。以往曾有许多人试图用手术以外的多种方法治疗，但都以失败告终，至少可以说，到目前为止还未发现非手术方法能肛瘘的。

图示：肛瘘

肛瘘手术后处理十分重要，甚至可以说手术后处理的好坏对手术效果的优劣有直接影响。一般而言，在手术后24小时，便将伤口内的凡士林纱布及其他填充纱布取出，若创面较深较大，则可于48小时后取出，若患者排便，便后要坐浴患处，并换药。每日，直至伤口愈合。换药时，伤口应保持引流通畅，药布放到伤口深处，即伤口底部，覆盖好肉芽组织，使其由深部向外生长，但不宜填塞太紧，以免妨碍愈合。同时要检查伤口情况，避免外部伤口粘连，早期愈合，而形成新的瘘管。对外部生长较快的肉芽要经常剪切，对已提前愈合的外部组织要提早切除，扩大外部引流口，使引流通畅。换药时，有条件者应尽量使用诸如生肌玉红膏之类的中药膏剂，祛除腐肉，以促进伤口愈合。